Sejarah Penubuhan JAIS bertitik tolak daripada keperihatinan Almarhum Sultan Hisamuddin Alam Shah Alhaj terhadap nasib rakyat dalam zaman pemerintahan Jepun dan penularan fahaman komunis yang boleh menjejaskan nilai akhlak serta kepercayaan orang Melayu pada masa itu. Baginda menitahkan kepada kerajaan negeri Selangor supaya Jabatan Hal Ehwal Agama Islam diwujudkan. Pada 1 Oktober 1945, Jabatan Hal Ehwal Islam ditubuhkan, di mana YM Raja Haji Nong bin Raja Hussin telah dilantik menjadi setiausaha institusi ini. Pejabat sementara pentadbiran ini telah ditempatkan di pejabat Sultan yang terletak berhampiran dengan Istana Kota Klang setelah mendapat restu dan keizinan Baginda. Pembiayaan pengurusan adalah bersumberkan daripada peruntukan diraja.

Penubuhan Jabatan ini membantu usaha kerajaan dalam mengekang perkembangan fahaman komunis di Tanah Melayu di samping memperbaiki akhlak dan kepercayaan orang Melayu pada masa itu. Setelah dirujuk susunan pentadbiran Jabatan Agama Islam Johor berasaskan satu lawatan ke Jabatan Agama Islam Johor pada 1946, Undang-undang Tubuh Negeri Selangor telah digubal pada tahun 1947 meliputi hal penubuhan Jabatan Hal-Ehwal Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu. Rentetan daripada perkembangan ini, tertubuhlah secara rasminya Jabatan Hal-Ehwal Agama Islam pada bulan Januari 1948. Bangunan lama Kelab Diraja Selangor dipilih sebagai pejabat pentadbirannya.

Bangunan Pejabat Agama Islam yang pertama di Selangor 

Bangunan Pejabat JAIS sekarang yang beroperasi di
Bangunan Sultan Idris Shah, Shah Alam